La grotta ebbe il suo primo riconoscimento dalla scienza ufficiale grazie ad una ricognizione effettuata da R. Vaufrey nel 1972. Fu soltanto nel 1968 che la zona fu visitata dall'archeologo E. Borzatti: quest'ultimo effettuò una sommaria ricognizione in cinque cavità. Il Mannino intervenne con uno scavo nella grotta nel 1972. Nel 1975 la storia della grotta subì una svolta, quando un gruppo di giovani ricercatori dell'Istituto Italiano di Paleontologia Umana, in collaborazione con la Soprintendenza Archeologica di Sicilia, intraprese una ricerca sistematica, che partendo dallo scavo della grotta, aveva come fine quello di ricostruire la storia ecosistemica della zona, dalle origini della presenza umana fino ai giorni nostri. Uno dei momenti più importanti durante lo scavo della grotta fu il rinvenimento di una delle rare e più complete necropoli mesolitiche del Mediterraneo; sono state scavate molte tombe di adulti e bambini. Lastre di calcare con motivi incisi a carattere prevalentemente geometrico.